Lors de leur parution en 1748, les premiers volumes rencontrent un succès considérable : les trois premiers sont réimprimés deux fois et épuisés au bout de six semaines !
Leur réussite éditoriale peut être expliquée par leur accès facile : écrits en français, ils sont rédigés dans une langue aisée et assez faciles à lire : Buffon préfère souvent l’anecdote à l’expérimentation vérifiée.
L’édition de cette encyclopédie est un grand œuvre de l’imprimerie royale. L’Etat se charge des frais de publication et, en contrepartie, 350 exemplaires constituent le « dépôt du roi ».
Buffon reçoit gratuitement 86 exemplaires à la fois pour son usage personnel et pour la distribution aux différents savants d’Europe.
Après le décès de Buffon, des collaborateurs, anciens et nouveaux, comme Etienne de Lacépède (1756-1825) ou Daubenton (1716-1800), reprennent le travail et rédigent de nouveaux volumes.