Un contentieux va diviser les deux parties pendant plusieurs années. Finalement en novembre 1886, il est décidé que la construction se fera dans « des proportions plus modestes et plus simples ». Choisis à nouveau, Emile et Louis Barbotin acceptent de revoir leur projet en juillet 1887.
L’Hospice aura la forme d’un parallélogramme de 100 m de côté rue de Barbieux et de 320 m le long de le boulevard Lacordaire. Il contiendra 600 lits d’assistés et 80 lits d’infirmerie, répartis en huit pavillons isolés. Des locaux seront réservés à la communauté et aux gens de service. Les pavillons seront disposés dans le sens de la longueur du terrain, ils feront 10 m de largeur et seront reliés par une galerie de 4 m de largeur. Dans ce deuxième projet les architectes ont transféré l’entrée sur le petit côté, rue de Barbieux. Le montant des travaux évalué à 700 000 francs à l’origine en 1887 est réévalué à 900 000 francs. Il sera en fin de compte de 1 200 000 francs dont la Ville supporte les trois quarts et la Commission administrative des hospices un quart pour l’achat des terrains. Après un certain nombre de modifications demandées par la Commission départementale des Bâtiments civils, l'ensemble du projet ainsi que son financement sont définitivement approuvés par la préfecture le 18 septembre 1889.
La réalisation finale est moins ambitieuse et diffère du premier projet retenu en 1880, les bâtiments s’organisant désormais autour d'une seule vaste cour d'honneur.